A Rákóczi Kupa szervezői között sokszor felmerül(t) a gondolat, hogyan lehetne bővíteni a Rákóczi Kupa mezőnyét. Mivel a rendelkezésre álló időkeret eléggé behatárolt, világossá vált, hogy középiskolás résztvevők száma nem emelhető, ám egyéb kísérőprogramokat némi átalakítással el lehet helyezni a menetrendben.
Többek között ennek a gondolatsornak eredményeként (is) született meg a Rákóczi Hadnagya Kupa, mely a Kiskunhalas és környéki általános iskolák fiataljainak nyújt lehetőséget labdarúgó tudásuk bemutatására. Akárcsak az anyarendezvény, a kezdetben Kis Rákóczi Kupa néven futó torna lebonyolítása is sokat változott, finomodott az évek során.
Jelenleg a selejtezőben 10-12 iskola két csoportban méri össze tudását. Ezek a mérkőzések korábban az ÁMK-ban kerültek megrendezésre, ám az elmúlt években részben szervezési, részben a nagy kupa hagyományai iránt tiszteletből a Tekó sportcsarnoka ad otthon a csoportmeccseknek, melyek két héttel a Rákóczi Kupa előtt kerülnek megrendezésre. A csoportok győztesei az arany-, a második helyezettek a bronzéremért küzdhetnek meg egymással, de már a Rákóczi Kupa háromnapos programján belül. A Hadnagya bronzmérkőzésére a középiskolások elődöntői után kerül sor, míg az aranymeccset a nagyok döntője után játsszák az általános iskolások.
A kupa kezdeti időszakában „kézről-kézre” járt a vándorserleg. A 2002-es első kiírást a Szűts (mai nevén Központi), a másodikat a Fazekas, a harmadikat a Felsőváros nyerte. Ezt követően a hatosztályos képzést nyújtó gimnáziumok is meghívást kaptak és rögtön le is tették a névjegyüket. 2005-ben a Szilády, 2006-ban a Bibó diadalmaskodott.
Az első többszörös győztes a Felsővárosi lett, miután a 2007-es döntőben nagy csatában 1-0-ra győzött a címvédő Bibó ellen.
2008-ban kaptak először meghívást vidéki csapatok is – mondhatni természetes, hogy ők is kupagyőzelemmel debütáltak a Soltvadkert révén.
2009-ben a Szilády, 2010-ben a Fazekas győzött, majd elkezdődött egy olyan Sziládys sikersorozat, amely végén 2013-ban végleg elnyerték az első vándorserleget. Vincze Attila csapata zsinórban harmadszor, összesen ötödször győzött ekkor – ez a két tény külön-külön is végső győzelmet ér.
Az egyeduralmat a Kiskunmajsa törte meg 2014-ben egy drámai döntő után. A rendes játékidő 3-3-mas döntetlennel zárult, a büntetőpárbajt pedig 4-3-ra nyerte Kondákor Ferenc együttese.
Egy évvel később a Szilády megszerezte hatodik – egyben utolsó – győzelmét. A szervezők 2016-tól már kizárólag általános iskolák csapatait kívánták meghívni, ami leginkább annak köszönhető, hogy a környező intézmények között is egyre nagyobb lett a szándék a tornán való indulásra. Természetesen a halasi iskola címvédőként lehetőséget kapott a szereplésre, ám miután a csoportkörben kiestek, elbúcsúztak a további küzdelmektől – a sorozatot végül a Kiskunmajsa nyerte meg. Érdekesség, hogy a Szilády középiskolás csapata pont ebben az évben tudott 31 év után nyerni a Rákóczi Kupán.
2017-ben a remekül összeérő Felsővárosi csapata állhatott a dobogó legfelső fokára, akárcsak a következő két évben, így Némethné Virág Judit együttese végleg vitrinjébe zárhatta a második vándorserleget.
A Rákóczi Hadnagya Kupa kiemelt támogatója Fráter Sándor, aki magánemberként és a Határőr Dózsa SE korábbi elnökeként is szívén viseli a labdarúgó ifjúságot. Ahogy egy korábbi visszaemlékezésében mondta: „A névadót követően Klein Imre igazgató úrral egyetértésben határoztam el, hogy megalapítom a Rákóczi Hadnagya Vándorkupát, és egyben biztosítom a helyezettek díjazását”.Ezt az áldozatos munkáját ezúton is köszönjük!